Основная задача института – разработка интегрированной системы защиты растений от вредных организмов, с целью снижения пестицидной нагрузки на агрофитоценозы, и научное обеспечение карантина растений для национальной безопасности (продовольственной, экологической, биологической) территории Республики Казахстан.
Ученые КазНИИЗиКР занимаются распространением знаний среди студентов, магистрантов, докторантов вузов, ученых, фермеров, садоводов и организуют вебинары, семинары, конференции.